关于南拳的起源，从前流传着一个故事，说是福建有一座少林寺，为嵩山少林的分支，人称“南少林寺”，寺中僧人世人习武。康熙年间，西鲁国来犯，无人可敌，福建少林寺僧人请缨出征，大破西鲁国，班师凯旋。不久，有奸人进谗，清廷派兵围剿福建少林寺，将该寺焚毁，寺中仅有五僧幸免于难。这五位僧人四处寻访英雄豪杰，创立了洪门（天地会），立誓“反清复明”。福建、广东、湖北一带的南拳都由这五位僧人传出，因此尊他们为南拳“五祖”。

事实上，清代康熙年间根本没有什么西鲁国，更没有来犯这事，当然也不会有南少林寺僧人为国出征的壮举。这是洪门中人社撰的故事。但是，福建究竟有没有一座少林寺，倒成了历史的悬案。有人认为这座少林寺在福建莆田，有人认为在福建泉州，甚至有人说在广东连平。1996年，在福建福清发现了一处寺址，陆续出土了不少刻有“少林”字样的文物。经学者初步考订，此处即为福建少林寺，其存在年代约为从北宋到清雍正年间。

关于福清少林寺与南拳拳系的关系，还有待于进一步研究。但毫无疑问的是，这座南少林寺在南拳拳系的形成和发展过程中曾经产生过重要作用。同时，还必须充分考虑到福建地方武功的因素。

福建民风强悍，特别是闽南一带，素以悍勇好斗著称，其聚众械斗之风名闻全国。福建地区的武功，早在明代中期就已崭露头角。 与戚继光齐名的抗倭名将俞大猷（1504年-1580年）就是一位武术大师。

俞大猷是福建晋江（今泉州市）人。他出身于军官世家，少年时学兵法，习骑射，后从李良钦学剑，成为罕见的剑术高手。在任职广东都司佥事时，俞大猷曾仅率随从数人，深入荒山密林，以一手剑术震慑多处叛民，使他们归顺。他又精于棍法，曾广教士卒，当时泉州一带的棍法几乎全是俞大猷所传。那时，泉州的剑术和棍术，在全国都是首屈一指的，连嵩山少林寺也自愧弗如。

明末时，泉州有一位名叫定因的僧人，武功高超，曾在漳州击毙猛虎，传有弟子数百人。清军南下后，他的弟子中有不少人渡海赴台湾，参加郑成功义军。

南拳拳系的形成，也曾受到北方武功的影响。

从公元4世纪起，中国境内由北而南出现过三次大规模移民。第一次是在两晋之际，当时就有一部分北方人辗转迁移到福建，被称为“福老”。第二次是在唐末僖宗时期，由河南固始人王潮、王审知兄弟率兵5000人及大批眷属南迁至泉州、福州。第三次是在两宋之际，南迁军民超过百万。以上三次移民，都是从河南出发。这些北方移民，统统被称为“客家人”。他们定居在南方的同时，也把比较成熟的北方武功带到了福建、广东一带。

明代中期，另一位武学大师戚继光率领戚家军参加平倭战争，转战浙闽粤三省。戚家军曾在福建征战多年，并曾在福州、泉州等地驻防。戚继光是山东蓬莱人，祖上六代都是军官。戚继光的武功当属于北少林一系。在戚系军的武功训练中，所有的拳械套路都由他亲自编写，剔除了那些华而不实的动作。戚家军百战百胜的辉煌战绩，也必将使这种带有明显北方特色的武功对闽粤武术的发展产生相当大的影响。

南拳的基本特点是门户严密，动作紧凑，手法灵巧，重心较低，体现出以小打大、以巧打拙、以多打少、以快打慢的技击特色。闽粤一带人体形较为瘦小，力气也相当弱些，因此特别重视下盘的稳定性，讲究步法的灵活多变，多有扭拐动作（如骑龙步、拐步、盖步等），使身体可以灵活转向。南拳的上肢动作绵密迅疾，极富变化，有时下肢不动，拳掌可连续击出数次，力求快速密集，以快取胜。在发力时，南拳大多要呼喝作声，吐气催力，以增大爆发力。南方人四肢较短，所以讲究贴身靠打，多出短拳，充分发挥“一寸短，一寸险”的优势。南拳拳系中有许多象形拳，不仅有龙、虎、豹、象、鹤、蛇、马、猴、鸡等常见的象形拳，而且有狮、彪、鱼、犬等罕见拳种。其象形拳数量之多，居全国诸大拳系之冠。

南拳的总体风格是步稳、拳刚、势烈，少跳跃、多短拳、擅剽手，以声、气修力。威猛迅疾，灵巧绵密，刚柔相济，上肢及手型尤富于变化。它不像少林拳那样雄浑朴茂，舒展大方，但其刚烈之气，威猛之势，却灏然自成气象。

南拳拳系的形成时间，大概在清初到清代中期，即从17世纪末至18世纪末。它包括上百个拳种，广泛流传于福建、广东、湖北、湖南、台湾等省以及香港、澳门地区，并很早就流传到海外，在东南亚以及美洲、大洋洲扎下根来。若论传播中国武术的贡献，南拳拳系自当首屈一指。